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一、公告背景。
2016年，科技部、財政部、國家稅務總局聯合印發了《關于修訂印發的通知》(郭克火發〔2016〕32號，以下簡稱《認定辦法》)及配套文件《關于修訂印發的通知》(郭克火發〔2016〕195號，以下簡稱《工作指引》)。
《認證辦法》和《工作指引》頒布后，《中華人民共和國國家稅務總局關于實施高新技術企業所得稅優惠有關問題的通知》(國稅函〔2009〕203號，以下簡稱“203號文件”)是與原《認證辦法》和《工作指引》相匹配的稅收優惠管理性質的文件，其相關內容需要及時調整完善，實現高新技術企業的認證管理。因此，特制定本公告。
二、公告的主要內容。
(一)明確高新技術企業享受優惠的期限。
根據《企業所得稅法》的規定，企業所得稅按納稅年度計算，因此高新技術企業也按年享受稅收優惠。但高新技術企業證書上注明的發證時間是特定日期，不一定是完整的納稅年度，有效期為3年。這就導致企業享受優惠待遇的期限與高新技術企業認證的有效期并不完全一致。為此，公告中明確表示，企業取得高新技術企業資格后，應自高新技術企業證書頒發之年起申報享受稅收優惠，并按規定向主管稅務機關辦理備案手續。如企業A取得的高新技術企業證書上注明的發證日期為2016年11月25日，企業A自2016年1月1日起可連續三年享受高新技術企業稅收優惠政策，即享受高新技術企業稅收優惠政策的年限為2016年、2017年、2018年。
根據上述原則，在證書頒發當年開始享受稅收優惠的高新技術企業，應在證書到期當年停止享受稅收優惠。但鑒于其高新技術企業證書可能仍在有效期內，繼續取得高新技術企業資格的可能性很高，為保護高新技術企業利益，實現優惠政策無縫銜接， 公告中明確公布，高新技術企業企業所得稅可在通過重新認證前暫按15%的稅率預繳，年底前未取得高新技術企業資格的，按規定補繳。 例如，如果企業A的高新技術企業證書于2019年4月20日到期，則該企業在2019年季度仍可按高新技術企業15%的費率預付。如果企業A在2019年底前重新獲得高新技術企業證書，則可以在2019年繼續享受稅收優惠。高新技術企業證書未重新取得的，少繳的稅款按25%的稅率繳納。
(二)明確稅務機關日常管理的范圍、程序和恢復期限。
公告在《認定辦法》第十六條的基礎上，進一步明確了稅務機關的后續管理，主要包括以下幾點:
首先，明確后續管理的范圍。《認證辦法》頒布后，稅務機關和納稅人對高新技術企業在優惠期內是否需要滿足認證條件產生了較大爭議。經與財政部、科技部溝通，《認定辦法》第十六條所稱“認定條件”是一個比較寬泛的概念，既包括高新技術企業的認定條件，也包括享受稅收優惠的條件。因此，公告將稅務機關后續管理范圍界定為認定高新技術企業和享受優惠期限的過程，統一了管理范圍，明確了工作職責。
二是調整后續管理程序。此前，根據203號文件規定，稅務機關發現高新技術企業不符合優惠條件的，可以收回高新技術企業已減免的企業所得稅，但不取消其高新技術企業資格。根據《認定辦法》第十六條，公告調整了203號文件后續管理程序，即稅務機關發現高新技術企業不符合認定條件的，應當提交認定機構審查。經審查，確認不符合認證條件的，認證機構取消其高新技術企業資格，并通知稅務機關追繳稅款。
第三，明確恢復期。為統一執行標準，公告明確將《認定辦法》第十六條中的恢復期限界定為“不符合認定條件的年度”，避免因誤解擴大恢復期限，切實保護納稅人合法權益。
(3)明確高新技術企業的優惠備案要求。
《認定辦法》和《工作指引》頒布后，認定條件、監督管理要求等。已經發生變化，需要適當調整享受優惠的檔案材料和留作備查的材料。公告明確了這一點。在留存備查的數據中，當涉及主要產品(服務)起核心支撐作用的技術領域時，高新技術產品(服務)、相應收入、從業人員和科技人員比例、R&D費用等。，有必要保留優惠年度的數據備查。
(四)明確實施時間和銜接方式。
一是考慮到本公告加強了對高新技術企業的稅收管理，按照不溯及既往的原則，明確本公告適用于2017年及以后企業所得稅匯算清繳。
二是《認定辦法》自2016年1月1日起實施。但根據《中華人民共和國國家稅務總局科技部財政部關于印發的通知》(郭克發火〔2008〕172號)認定的高新技術企業仍在有效期內。在一段時間內，采用不同認定方式認定的高新技術企業仍將同時存在，但認定條件和監督管理要求并不一致。為了公平合理，公告明確規定了“老辦法為老，新辦法為新人”的辦理原則，妥善解決了新舊銜接問題。也就是說，按照《認定辦法》認定的高新技術企業按本公告規定執行，而按照國科火發〔2008〕172號文件認定的高新技術企業仍按203號文件和《中華人民共和國國家稅務總局關于發布〈企業所得稅優惠政策處理辦法〉的公告》(國家稅務總局公告2015年第76號)的有關規定執行。
三是明確《中華人民共和國國家稅務總局關于高新技術企業資格復審期間企業所得稅預繳問題的公告》(中華人民共和國國家稅務總局公告2011年第4號)廢止。